中国科学院大学工会隶属于中国科学院工会。截止2023年9月共有会员2500余名，67个工会小组，17个教职工文体协会，工会/教代会办公室负责工会、教代会的日常工作。
中国科学院大学工会是学校联系全体教职工的桥梁和纽带，在学校党委和上级工会的领导下，高举中国特色社会主义伟大旗帜，深入贯彻落实习近平新时代中国特色社会主义思想和中国工会十七大精神，认真履行参与、维护、建设、教育四项社会职能，把维护职工合法权益、竭诚服务职工作为工会工作的出发点和落脚点，全心全意为广大教职工服务。近年来，校工会连续获得中国科学院第八届、第九届和第十一届“全民健身日”活动先进单位称号，2023年荣获中国科学院“模范职工之家”的称号。
中国科学院大学工会将始终坚持党的领导，增强政治性、先进性、群众性。坚持服务学校中心工作，凝心聚力，深入推进工会改革创新。坚持面向广大教职工，维护教职工的合法权益，充分激发工会组织活力，广泛动员教职工参与学校民主管理和民主监督，鼓励教职工为学校发展建言献策，更好地发挥桥梁纽带作用，提升工会、教代会在学校事业发展、参与学校治理和服务广大教职工的能力，为中国科学院大学早日跻身世界顶尖大学行列贡献力量。
